Criada pela Lei 8.670 de 30 de junho de 1993, com o Nome de Escola Agrotécnica Federal, e transformada em autarquia federal pela Lei 8.731 de 16 de novembro de 1993.Em 1995 houve o ingresso da primeira turma de Alunos no curso Técnico em Agropecuária. A partir do ano de 2003, após o I seminário de Educação Profissionalizante do Alto Rio Negro, a Escola Agrotécnica diversificou sua oferta de cursos, criando os cursos Técnicos em Secretariado, Administração, Contabilidade Informática, Meio Ambiente e Recursos Pesqueiros. Objetivando articular ação da escola a outras políticas públicas para o desenvolvimento sustentável da região do Alto Rio Negro. No ano de 2005, com a realização do I Seminário Interinstitucional “Construindo educação indígena na região do Rio Negro” promovido pela FOIRN, iniciou-se o diálogo intercultural e parceria entre a EAFGSC e o movimento indígena organizado.
